Nguyễn Bá Ký người làng Vân Nội, huyện Chương Đức, nay là khu vực huyện Chương Mỹ, Mỹ Đức, thành phố Hà Nội.

Có ông nội là Nguyễn Bá Sương là một phò mã của nhà Hậu Lê con rể Lê Lợi, Cha là Nguyễn Bá Nhật, làm quan tới chức Thái bảo, thượng tướng quân; được phong tước Quận công.

Năm 1448 đời Lê Nhân Tông, ông đỗ Hoàng giáp. Sau đó ông làm Tri chế cáo Viện Hàn lâm, rồi thăng Trực học sĩ.

Năm 1452, ông làm Phó sứ sang Trung Quốc chúc mừng vua Minh Đại Tông lập thái tử. Khi trở về, ông làm Tả tư ở tòa Trung thư, và tòa Kinh diên, kiêm chức Thượng kị đô úy, cai quản các cuộc lễ hầu cung vua.

Đầu thời Lê Thánh Tông, ông cùng Nguyễn Trực soạn văn bia Dương lăng. Sau đó Nguyễn Bá Ký làm Tế tửu Quốc Tử Giám, kiêm Đại học sĩ điện Văn minh. Tài đức của ông được vua Lê Thánh Tông quý trọng ban hiệu là "Vân Phong tiên sinh". Ông thường khuyên vua Thánh Tông nên dẫn điển tích trong kinh sử[1].

Năm 1465, ông mất, Lê Thánh Tông sai quan mang sắc đến dự cùng bài văn tế tỏ lời tiếc thương.

Thơ văn ông thâm trầm, trong Toàn Việt thi lục còn sao chép một số bài đề là Quá Nhuận Hồ cựu đô (Qua đô cũ nhà Hồ).